Jeseni in pozimi, ko ptice ne gnezdijo, v naravnem parku Škocjanski zatok opravijo večja vzdrževalna dela. Iz mlak odstranijo trstičje in drugo rastlinje, opravijo košnjo in odstranijo zarast. S tem ohranjajo in vzdržujejo življenjski prostor številnih vodnih in obvodnih živali, kot so kačji pastirji, vodni hrošči, pupki, žabe in želve. Če rastlin iz mlak ne bi odstranili, bi nakopičena biomasa povzročila dvig dna in mlaka bi se z leti lahko presušila. Poleg tega bi razkroj biomase vodo obogatil s hranili. To bi povzročilo razrast nitastih in drugih alg ter zaviralo rast rastlinskih vrst, kot so redka in ogrožena žabarka, parožnice in vodna zlatica. Če je v vodi manj hranil, je voda bolj bistra in čista.
Za ohranjanje biotske raznovrstnosti je pomembno skrbno upravljanje rezervata in vzdrževanje njegovih površin, pri čemer lahko pomagajo tudi obiskovalci. Obiskovalce prosijo, da med obiskom uporabljajo označene poti, ne trgajo rastlin ter v mlake in kanale ne odlagajo smeti.