Monitoring območij, vrst in habitatnih tipov Nature 2000 nam omogoča zbiranje podatkov, ki so podlaga za oceno vplivov na naravo in presoje sprejemljivosti planov. Države članice EU izvajajo monitoring na podlagi 11. člena Direktive o habitatih ter 4. in 12. člena Direktive o pticah, v Sloveniji pa monitoring ureja tudi 108. člen Zakona o ohranjanju narave.
Postopke v zvezi z območji Natura 2000 opredeljuje Zakon o ohranjanju narave, ki določa območja Natura 2000 kot ekološko pomembna območja, v Evropski uniji nepogrešljiva za ohranitev ali doseganje ugodnega stanja ptic (posebna območja varstva) ter drugih rastlinskih in živalskih vrst, njihovih habitatov in habitatnih tipov (posebna ohranitvena območja).
Države članice EU morajo o rezultatih poročati v rednih intervalih.
Na podlagi naročila Ministrstva za okolje in prostor ter Agencije RS za okolje so bile izdelane številne naloge monitoringa, ki so na voljo za uporabo z navedbo avtorjev in izvajalcev.
