V Sloveniji populacija rdečenogega martinca upada zaradi izgube življenjskih prostorov, primernih za gnezdenje in prezimovanje. Najraje prezimuje ob morju, gnezdo pa si posamezni pari uredijo na mokrotnih travniki z nizko vegetacijo in podobnih močvirnih območjih v notranjosti ali na obalnih slanih močvirjih. Poleg Škocjanskega zatoka to ptico selivko pri nas najdemo tudi v Sečoveljskih solinah, gnezdi pa ob Cerkniškem jezeru in reki Dravi.
Rdečenogi martinec je uvrščen na Evropski rdeči seznam ogroženih ptic 2021, ki ga je oktobra 2021 izdala Mednarodna organizacija BirdLife International.